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逆轉(zhuǎn)錄PCR

日期:2021-07-26瀏覽:3183次

RT-PCR,逆轉(zhuǎn)錄PCR或稱反轉(zhuǎn)錄PCRReverse Transcription PCR),是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的一種廣泛應(yīng)用的變形。在RT-PCR中,RNA在逆轉(zhuǎn)錄酶的作用下被逆轉(zhuǎn)錄成為互補(bǔ)DNAcomplementary DNAcDNA),再以此為模板通過PCR進(jìn)行DNA擴(kuò)增。

基本原理:

用逆轉(zhuǎn)錄酶以RNA為模板合成與其互補(bǔ)的DNAcDNA)的過程。因?yàn)?/span>mRNA末端存在Poly A,所以用Oligo dT作為通用引物與其互補(bǔ)。商品化的反轉(zhuǎn)錄試劑盒里通常除了Oligo dT之外,還可以用隨機(jī)引物,但一般用Oligo dT引物就可以了。

 

重要參數(shù):

不同mRNA拷貝成cDNA的效率不同;因此,適合于一種mRNA拷貝的條件可能對另一種mRNA不適合。一般來說,從事不均一mRMA群體時(shí),所使用的條件是導(dǎo)致cDNA合成的終產(chǎn)量達(dá)到最大,下述參數(shù)十分重要。

1、逆轉(zhuǎn)錄酶: 有兩種不同的逆轉(zhuǎn)錄酶可以催化以mRNA為模板,oligo(dT)作為引物,合成與mRNA互補(bǔ)的cDNA鏈。一種來自純化的 AMV,由兩條肽鏈組成,具有聚合酶活性和很強(qiáng)的RNAH活性,它最適溫度是42℃,最適pH8.3。在高反應(yīng)溫度時(shí)可消除mRNA的二級結(jié)構(gòu)對逆轉(zhuǎn)錄的阻礙,然而高水平的RNAH的活性既抑制cDNA產(chǎn)生也限制其長度。另外,禽源逆轉(zhuǎn)錄酶制劑可被能切割DNA的核酸內(nèi)切酶污染。

另一種是Mo-MLV,是單肽鏈的,有RNA聚合酶活性和相對較弱的RNAH活性,最適溫度37℃,最適pH7.6,較弱的RNAH活性對獲得2-3kbmRNA的全長cDNA有很大好處。在第一鏈反應(yīng)前可用氫氧化甲基汞處理,破壞mRNA的二級結(jié)構(gòu),這一步對于最適反應(yīng)溫度較低(37)℃的鼠源逆轉(zhuǎn)錄酶催化的反應(yīng)可能更為重要。臨合成cDNA第一鏈之前加入過量的巰基試劑,可以使氫氧化甲基汞從RNA上解離。

2、單價(jià)陽離子: 離子條件基本上影響各種模板的轉(zhuǎn)錄效率。用鉀比用鈉離子可獲得較長的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。對于cDNA長度的最適鉀離子濃度為140-150mM。

3、二價(jià)陽離子: 對于反轉(zhuǎn)錄酶活性來說,二價(jià)陽離子是必需的。低于4mM Mg2 未能觀察到活性;產(chǎn)生全長轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的最適濃度是6-10mM。

4、脫氧核苷三磷酸: 使用四種脫氧核苷三磷酸(dNTP)中每一種的高濃度對于有效合成cDNA是特別重要的。如果其中只有一種的濃度下降到10-50微摩爾以下,全長轉(zhuǎn)錄物的產(chǎn)量將明顯下降。常用的dNTP的濃度為200-250微摩爾。

 

注意事項(xiàng):

1、RNA 提取一定要迅速,樣本要新鮮,組織盡量在液氮中研磨;

2RNA 提取完馬上進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄不要拖延,新提的RNA很容易降解;

3、逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)過程,需建立無RNAase環(huán)境,以避免模板RNA降解。

 


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